במכון שלם צוות העוסק במתן טיפול פסיכולוגי לילדים ולנוער. צוות זה כולל פסיכולוגים קליניים, חינוכיים והתפתחותיים, עובדות סוציאליות קליניות ופסיכיאטרית (יועצת מן החוץ), אשר התמחו בטיפול בילדים ובמתבגרים ובמתן ייעוץ והדרכה להורים.צוות זה מטפל בפניות לטיפול החל מילדים בגיל הרך וכלה בבני-נוער לפני גיוס. הצוות מיומן לטפל במגוון רחב של בעיות בשלבי ההתפתחות השונים כגון: הפרעות בהתנהגות, קשיים חברתיים, מצבי טראומה ומשבר, הפרעות בהתפתחות, הפרעות חרדה, קשיים במסגרת המשפחתית או במסגרת החינוכית, ועוד.
הטיפול הפסיכולוגי המוצע במכון משלב מגוון שיטות וגישות בהתאם לצרכים של הפונה: טיפול קוגניטיבי-התנהגותי, טיפול פסיכודינמי ארוך-טווח, התערבויות קצרות מועד וייעוץ והדרכה.
הטיפולים בילדים ובנוער מלווים, על-פי הצורך, בפגישות ייעוץ והדרכה עם ההורים, עם הצוות החינוכי בבית הספר ועם גורמים טיפוליים המעורבים בחיי הילד, בהתאם לצרכים ולנסיבות.
במכון ניתן גם לקיים פגישות ייעוץ והדרכה עם הורים בלבד. פגישות אלו מתאימות להורים המבקשים להתייעץ בנושאים הקשורים לגדילה ולהתפתחות של ילדם, כמו שאלות בדבר הצבת גבולות, החלטות בדבר השמה במסגרות חינוכיות ועוד. כמו-כן פגישות כאלה משמשות עבור ייעוץ בהתמודדויות עם קשיים בחיי היום-יום וקשיים הנובעים ממעברים התפתחותיים ומשינויים לא צפויים בחיי המשפחה כמו שינוי מקום מגורים, כניסה לבי"ס, תחילת גיל ההתבגרות, גירושין, אובדן ומוות.
הטיפול הפסיכולוגי בילדים משלב טכניקות של טיפול באמצעות משחק (play Therapy) בעזרתו ילדים בגיל הרך ובגיל בית הספר היסודי מסוגלים לבטא בצורה גלויה יותר את רגשותיהם ואת עולמם הפנימי בצורה. תפקיד המטפל להבין ולפרש ביטויים רגשיים אלה ולעשות בהם שימוש בפגישותיו עם הילד ועם ההורים.
במצבים מורכבים יותר ובמשפחות בעלות קונפליקט בעצימות גבוהה מתקיים טיפול שמשלב מפגשים פרטניים לילדים ולהורים וכן מפגשים משפחתיים בהרכבים שונים הכוללים טיפולים דיאדיים. בטיפולים אלה משתתפים בד"כ מספר מטפלים העובדים כצוות.